當藥品微生物限度檢驗不合格時，需要采取一系列措施來確保藥品質量和患者安全。以下是一些建議的處理步驟：

1. 重新取樣與檢測：首先，為確保結果的準確性，可以重新取樣并進行檢測。這有助于排除初次取樣或檢測過程中可能存在的誤差。

2. 隔離與標識：對于不合格的藥品，應立即進行隔離儲存，以防止混淆和誤用。同時，隔離區域應符合相關標準要求，并進行明確標識，確保不合格藥品不會被錯誤地使用或混入合格藥品中。

3. 調查原因：質量保證部門應進行一次深入調查，以找出導致藥品微生物限度不合格的具體原因。這可能涉及檢查生產工藝、設備、人員操作以及其他可能的因素，從而確定問題的根源。

4. 采取糾正措施：根據調查結果，質量保證部門需要制定并實施糾正措施，以防止類似問題再次發生。這可能包括修訂生產工藝、更換設備、加強人員培訓等。

5. 報告與提交：根據國家和地區相關的法規要求，質量保證部門需要編制詳細的報告，并向監管機構提交。報告應包含不合格藥品的情況描述、調查結果以及采取的糾正措施等信息。

6. 考慮其他處理方式：根據具體情況，還可以考慮其他處理方式，如滅菌處理（如果產品污染程度不高）、延長保質期（如果產品需氧菌不合格但其他指標合格）或重新配方（如果產品配方存在問題）等。

在整個處理過程中，質量控制部門和質量保證部門應密切合作，確保所有措施得到有效執行，以保障藥品質量和患者安全。同時，企業還應加強內部質量管理和監督，提高員工的質量意識和操作技能，從源頭上預防微生物限度不合格問題的發生。